Второй этап включает в себя работы по модернизации здания музея: замена плитки, установка современной системы сигнализации и освещения, подключение к сети Wi-Fi. Наиболее амбициозным может стать завершающий этап реконструкции, который планируется провести на всей оставшейся территории комплекса. Как сообщают проектировщики ООО «ГУАР», все работы по обновлению могут затянуться на два года, однако, окончательные сроки будут зависеть от системного финансирования проекта.
Параллельно с реконструкцией объекта ведутся и археологические изыскания, которые уже успели удивить всех неожиданными находками. Так, осенью 2016 года обнаружены вход в минную галерею, орудийный погреб, подземные фортификационные сооружения времен Крымской войны. Практически ежедневно собрания музея на Малаховом кургане пополняются различными экспонатами (монеты, пули, посуда, ядра, пуговицы и т.д.), которые находят порой на глубине не более полуметра.
Севастополь не зря называют «музеем под открытым небом». В регионе зафиксированы более 2000 объектов культурного наследия, из них 130 - федерального значения, около 1500 - регионального уровня.
